פְּקוּדֵי - הַחֹדֶשׁ תשפ"ה

רבי מנחם מנדל נפטר בכ"ב בשבט ה'תרי"ט (1859) ונטמן בקוצק. לפני מותו אמר: "כל מי שיניח את ראשו בתורה, הנני ערב בעדו שיהיה ממנו בזה ובבא".‏ בלווייתו הספידו אותו תלמידו הקרוב רבי יצחק מאיר אלתר בשבע מילות הפסוק "הצדיק אבד ואין איש שם על לב" (ישעיהו נ"ז, א). אחר פטירתו קיבלו רוב החסידים ובהם בניו וחתנו את הנהגתו של רבי יצחק מאיר, ומיעוטם נשארו בקוצק אצל בנו רבי דוד.

הרבי מקוצק לא השאיר אחריו כתבים כלשהם, מלבד מכתב אחד קצר לרבי יצחק מאיר אלתר משנת תקפ"ח (1828). על פי המקובל, לפני מותו ציווה לשרוף את כל כתביו. נכדו, רבי ישראל מפילוב, הסביר שאביו וסבו לא השאירו אחריהם חידושים כיון שאת כל כוחם שיקעו בהעמדת תלמידים.‏ ש"י עגנון כתב‏: "סיפר לי הרב ר' חנוך בורנשטיין, רב אחד בא אצל זקנו הגאון אגלי טל חתנו של הרב ר' מנחם מקוצק ואמר לו שהוא מחבר ספר על קוצק וביקש ממנו שיספר לו קצת דברים על קוצק.

גער בו אותו גאון, אמר, מקוצק נשתיירו ספרים חיים, ולא נענה לו".למרות זאת, במשך השנים יצאו ספרים רבים המלקטים את אמרותיו על פי עדות שומעיהם.